Артем А.

Биолог, начинающий биоинформатик

В данный момент ищу работу на полный день в области клинической биоинформатики для получения опыта и реализации полученных при обучении навыков на практике. Хотел бы работать с данными NGS, включая как геномные исследования и интерпретацию различных вариантов у пациентов, так и транскриптомику.

 

Последнее обновление резюме 05.12.2022
Адрес Санкт-Петербург, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано

Опыт

Санкт-Петербургский государственный университет
лаборант-исследователь
Авг 2020 - Текущий

Образование


ИТМО
Дек 2022 - Текущий
магистратура, Факультет информационных технологий и программирования, программа "Биоинформатика и системная биология"

Санкт-Петербургский государственный университет
Сен 2017 - Авг 2021
бакалавриат на биологическом факультете, кафедра эмбриологии

В чем вы сильны?

Имею классический биологический бэкграунд и широкие представления о различных областях биологии и методах. Умею работать с литературой и технической документацией и быстро осваиваться в новых для себя областях.

Имею базовые навыки программирования на Python и R, а также написания bash скриптов и работы в командной строке. Есть опыт работы с библиотеками numpy, pandas, matplotlib, seaborn, scikit-learn, scanpy на Python и ggplot2, dplyr, DESeq2, limma в R. Кроме того знаком с Docker, Snakemake и git.

В ходе обучения получил навыки обработки данных NGS для медицинской генетики, анализа дифференциальной экспрессии генов в транскриптомике, анализа ChIP-seq данных в эпигенетических исследованиях. Также имею опыт филогенетического анализа.

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Имею трехлетний опыт работы в "мокрой" лаборатории. Изучаю экспрессию генов методом гибридизации in situ в процессах регенерации, эмбрионального развития и бесполого размножения у кольчатых червей. В ходе работы изучал гены-маркеры стволовых клеток (vasa, piwi, pl10, nanos, pumilio, tudor, bruno), а также гены, кодирующие транскрипционные факторы, важные для паттернирования и установления плана строения тела животных (Hox, ParaHox, Pax, brachyury). Результаты неоднократно докладывались на конференциях и в данный момент готовятся к публикации.