Знания:

• Python 3
  • Объектно-ориентированное программирование
  • Функциональное программирование
  • Многочисленные модули стандартной библиотеки
  • Тщательное написание тестов (unittest)
  • Нетривиальные сторонние библиотеки:
    • PyMongo
    • Pandas
    • Plotly
    • Streamlit
    • Django (основы основ)
• MongoDB
• Linux (с 2008 г.)
• Bash (основы)
• Биоинформатические онлайн-ресурсы: UCSC и др.
• Биоинформатические CLI-программы: Ensembl VEP и др.

Дополнительные преимущества:

• Перфекционист
• Быстро вникаю в задания из незнакомых областей

Интересы:

• Поиск коротких вариантов, влияющих на заболевания
• Непосредственно написание Python-кода
• Автоматизация табличной рутины
• Работа с БД
• Создание GUI, визуализация

Open-source проекты:

• Простые биоинформатические скрипты
• ld-tools:
  • инструментарий, базирующийся на собственном оффлайн-калькуляторе LD
• high-perf-bio:
  • инструментарий, значительно упрощающий создание биоинформатических MongoDB-коллекций и конструирование к ним запросов. Заточен под распространённые в вычислительной генетике форматы и действия с данными
• antidb (наиболее актуальный проект):
  • Попробовать: pip3 install antidb. Компактная библиотека для индексации больших многострочных тексовых файлов и быстрого поиска по ним. Стек: heapq.merge, sort, zipfile, pyzstd, pickle, bisect. Функции индексации и сортировки индекса пишет юзер. Запросы - по точному соответствию и диапазону.

Проприетарные проекты:

• Тулкит для получения Платиновых геномов.

Где работал/работаю:

• ИОГен РАН: аспирант: август 2013 - август 2017, МНС: июнь 2019 - август 2023
• ООО Эвоген: август 2019 - март 2023
• ООО Биотехнологический кампус: с апреля 2023.

Предпочтительный график работы:

• Удалёнка/цифровое кочевничество
• Офис 1-3 раза в неделю