Методический бэкграунд:

Cell Biology

- eukaryotic cell culturing (monolayer and suspension)

- transfection,

- infection,

- vector cloning,

- construction of expression lentiviral vectors,

RNAi technics

• si/sh RNA construction
• RNAi – transfection
• RNAi- vector construction, (lentivirus)
• Gene silencing evaluation
• Apoptosis evaluation

Virology genomics:

- extraction of viral particles

- analysis of viral antigens – Western Blot

General Genomic analysis:

- RT-PCR

- qPCR

- primer design for comparative gene expression analysis: TaqMan, Sybr, etc.

- Southern Blotting

SNP, LOH, MSI, chromosome aberration screening:

- FISH

- SSCP

- CSGE

- Sanger sequencing

- Fragment analysis

Научные достижения

 Премия молодого исследователя, X-я Международная конференция по Ретровирусам Человека (10-th International Conference on Human Retrovirology), Trinity College, Дублин, Ирландия, 2001

Диплом по окончании курса: «Принципы и практика в рамках профилактики и контроля раковых заболеваний» (“Principles and Practice of Cancer prevention and Control Course”), Национальный институт рака (NCI) Института Национального Здоровья (NIH), г. Бетезда, США 2004

Диплом по окончании курса «Молекулярно-биологическая профилактика рака» (“Molecular Prevention Course”), NCI, NIH, Bethesda, 2004

Участие в научных семинарах и конференциях.

-  2-ая Межвузовская Конференция по Медицинским наукам, раздел «Клеточная и

   молекулярная биология», Москва, 1999,  устный доклад.

-   X-я Международная конференция по Ретровирусам Человека (10-th International  

    Conference on Human Retrovirology), 2001, Trinity College, Дублин, Ирландия –

    2 постерных сообщения

-  Международная конференция «ВИЧ и Родственные Ретровирусы» Сант-Петербург, 2002

   постерное сообщение

-  «Курс по профилактике и контролю раковых заболеваний» NCI, NIH, Bethesda, USA 

   2004;  устный доклад

- VI-й Всероссийский съезд медицинских генетиков, 2010, Ростов-на-Дону, устный доклад

- II-й семинар по продукции Abbott для FISH в онкологии и пренатальной диагностики с международным участием, 2010, Москва, ответственный за проведение.

- Научная конференция «Актуальные вопросы онкогенетики» 2011, Москва, Российский Онкологический Научный центр им. Н.Н. Блохина РАМН, устный доклад: «Значение РНК-интерференции в разработке новых средств таргетной терапии рака»

-   Российский Онкологический конгресс 2012, устный доклад «Оптимизация химиотерапии злокачественных опухолей с использованием РНК-интерференции»

-   3-я международная конференция «Постгеном 2012», участник

- Международная конференция «БИОТЕХНОЛОГИЯ И КАЧЕСТВО ЖИЗНИ», 2014, представлено 2 постерных доклада в секции «Нанобиотехнологии Медицине»

- Международная конференция Сколтеха «Терапия будущего», 2014, представлен 1 постерный доклад

Сертификаты.

Certificate in Virology, 5 year valid (2004 – 2009), that allows to work in State Medical Institutions,  I.M. Sechenov Moscow Medical Academy, Dept. of Virology,  Moscow, 2004

Certificate in Virology, 5 year valid (2010 – 2015), that allows to work in State Medical Institutions,  I.M. Sechenov Moscow Medical Academy, Dept. of Virology,  Moscow, 2010

Статьи/ Тезисы:

Статьи:

1. Бавыкин А.С, Морозов В.А.

«Дефектные HTLV-I провирусы: структура и классификация».

Вопросы вирусологии. 2001, 5: стр: 4- 9.

1. Морозов В.А, Молочков В.А., Николаева Е.В., Сырцев А.В., Бавыкин А.С,  Лезвинская Е.М.

      «Нуклеотидные последовательности HTLV-I у пациентов с грибовидным микозом». Иммунопатология, аллергология, инфектология, 2002 (1), стр.:18-31.

1. Morozov VA, SyrtsevAV, Ellerbrok H, Nikolaeva EV, Bavykin AS, Pauli

      «Mycosis fungoides in European Russia: No antibodies to Human T Cell Leukemia Virus Type I structural proteins, but virus-like sequences in blood and saliva».

       Intervirology 2005; 48: 362 – 371.

1. Бавыкин А.С , Волкова М.А.

«FLT3 – тирозинкиназа  при острых нелимфобластных лейкозах».

Онкогематология,  2006.  № 1–2. стр. 15–24. http://ap.nursingtoday.ru/.uploads/press/magazines/onkogematologiya/archiv/2006_01/2006_01_gema45.file.pdf

http://ap.nursingtoday.ru/press/magazines/onkogematologiya/archiv/2006_01/ 

 5. Сырцев А.В., Бавыкин А.С. Огородникова Е.В., Когай Б.И., Трофимов Д.Ю. Сергеев И.В., Николаева Е.В., Лезвинская Е.М., Чуев Ю.В., Сенюта Н.Б., Сельчук В.Ю., Эллерброк Н., Паули Г., Морозов В.А.

«Вирус Т-клеточного лейкоза человека (HTLV-1) у серонегативных пациентов с лимфомами кожи, классическим лейкозом и бессимптомных носителей в России». Молекулярная Медицина, 2009, №6, стр. 25-32.

6. Карпухин А.В., Бавыкин А.С., Апанович Н.В., Коротаева А.А., Шубин В.П.,  Сырцев А.В., Поспехова Н.И., Логинова А.Н., Петерс М.В., Кашурников А.Ю.,  Зенит-Журавлева Е.Г., Гончарова Е.А., Грицай А.Н., Любченко Л.Н., Матвеев В.Б.,  Тюляндин С.А.     «Структурные и функциональные особенности генов в диагностике и лечении рака». Сборник по материалам XIV-го Российского онкологического конгресса. 2010. ISBN 5–95340–093–4, стр. 104-109.

7. Н. В. Апанович, В.П. Шубин, А.А. Коротаева, А.С. Бавыкин, Е.А. Ким, А.Д. Закиряходжаев, В.П. Летягин, И.В. Высоцкая, А.В. Карпухин.«Современные молекулярно-генетические маркеры рака молочной железы». Опухоли женской репродуктивной системы. - 2011. - №1.- С.19-28. 

8. Бавыкин А.С., Мишин Д.В., Карпухин А.В., Дерябин П.Г.«Способность малых интерферирующих РНК-олигонуклеотидов снижать инфекционную активность вируса гепатита С в культурах клеток».  Вопросы вирусологии, 2012.-N 2.-С.32-34.

9. Львов Н.Д., Бавыкин А.С., Мельниченко А.В., Карпухин А.В.«Блокирование функций гена RS1 вируса простого герпеса 2-го типа малыми интерферирующими РНК - новые перспективы для направленного противовирусного воздействия». Вопросы вирусологии, 2012.-N 3.-С.14-16.

1. Бавыкин А.С., Коротаева А.А., Сырцев А.В., Карпухин А.В., Тюляндин С.А. «Разработка способов повышения эффективности химиотерапии на основе малых интерферирующих РНК».Malignant Tumors 2012, T2, N2, p.111-116

1. Коротаева А.А., Бавыкин А.С., Поярков С.В. Карпухин А.В.   «Ингибирование потенциальных генов-мишеней с помощью интерферирующих РНК в клетках колоректального рака» / Интеграл. 2012. № 5. С. 26-28.

1. Bavykin AS, Korotaeva AA, Poyarkov SV, Syrtsev AV, Tjulandin SA, Karpukhin AV.

       «Double siRNA-targeting of cIAP2 and LIVIN results in synergetic sensitization of HCT-116 cells to oxaliplatin treatment».    OncoTargets and Therapy, 2013, Volume 6, p: 1333 – 1340.

Тезисы:

1. Bavykin AS, Syrtsev AV, Morozov VA.«HTLV-1 genomes in asymptomatic virus carriers».

AIDS Research and Human Retrovruses. 2001, 17(Suppl. 1): p. 98.

1. Morozov VA, Syrtsev AV, Nikolayeva EV, Bavykin AS, Lesvinskaya EM, Molochkov VA. «HTLV-1 sequences in patients with mycoses fungoides (MF) from Russia.AIDS Research and Human Retrovruses». 2001, 17 (S70): p. 150.

1. Морозов В. А., Сырцев А. С., Бавыкин А. С., Николаева Е. В., Строганова А. М.«Спектр HTLV-I родственных последовательностей у вирусоносителей».Журнал «СПИД, рак и общественное здоровье», 2002.

1. Морозов В. А., Бавыкин А. С., Оранская А. Н., Лагай С., Строганова А. М. «Нуклеотидные последовательности "пенящего" вируса человека в биологических жидкостях».Журнал «СПИД, рак и общественное здоровье», 2002.

1. Morozov VA, Syrtsev AV, Bavykin AS, Nikolayeva EV, Stroganova AM.«HTLV-1 - tax sequences and transcripts detected in mucoses fungoides (MF) patients from European Russia».International Journal of Cancer, 2002, (Suppl. 13), p. 67.

1. Morozov VA, Bavykin AS, Oranskaya AN, Stroganova AM.«Detection of foamy viruses in two humans with thyroid tumor and Hashimoto disease». International Journal of Cancer, 2002, (Suppl. 13): p. 66.

1. Сырцев А.В., Котовская М.А., Соловьев С.К., Егорова О.Н., Балабанова Р.М.,   Бавыкин А.С., Трофимов Д.Ю., Морозов В.А.  «Молекулярно-биологические маркеры  HTLV-I у пациентов с ревматоидным артритом (РА) и системной красной волчанкой (СКВ) в России».    Научно-практическая ревматология, 2005, №3 с.121.

1. Bavykin AS.  «A combination of anti-IAP interfering RNAs and chemotherapy induce efficient colon tumor cell apoptosis under drug small dozes».  European Journal of Human Genetics, 2010, v18, Supplement 1, p.193.https://www.eshg.org/fileadmin/www.eshg.org/abstracts/ESHG2010Abstracts.pdf

1. Korotaeva A.A., Bavykin A.S., Zenit-Zhuravlouva E.G., Goncharova E.A., Karpukhin A.V. «The differentl effect of the gene knockdown on apoptosis of two human colon cancer cell lines» // Eur. J. Hum.Gen. 2010, v18, Supplement 1, 93..https://www.eshg.org/fileadmin/www.eshg.org/abstracts/ESHG2010Abstracts.pdf

 10. Бавыкин А.С., Зенит-Журавлева Е.Г., Коротаева А.А., Гончарова Е.А., Сырцев А.В., Карпухин А.В      «Эффективная индукция апоптоза клеток рака толстой кишки с помощью интерферирующих РНК» //   Матер. VI съезда мед. генетиков Медицинская генетика. 2010. С.15.

 11.Коротаева А.А., Бавыкин А.С., Зенит-Журавлева Е.Г.,. Гончарова Е.А, Карпухин А.В.     «Ингибирование функции генов сигнальных путей и различия в апоптотическом эффекте при разных структурных характеристиках генома раков» // Матер. VI съезда мед. генетиков. Медицинская генетика. 2010. С.91..

 12. Bavykin A. S., Korotaeva A. A., Goncharova E. A., Zenit-Zhuravleva E. G., Syrtsev A. V., Karpukhin A. V.

      «Analysis of different apoptosis ways by gene expression analysis and siRNAi silencing in colorectal cancer cells».  European Journal of Human Genetics, 2011, P06.055.

 13. Карпухин А.В., Бавыкин А.С., Коротаева А.А., Шубин В.П., Апанович Н.В., Кавнацкий И.О, Петерс М.В., Черняев В.М., Кашурников А.Ю., Зенит-Журавлева Е.Г, Завадский С.В., Сырцев А.В, Любченко Л.Н., Грицай А.Н., Матвеев В.Б., Тюляндин С.А.  «Особенности экспрессии генов злокачественно трансформированных клеток при раке ряда локализаций».//  Матер. 8-ой Международной конференции «Молекулярная генетика соматических клеток». - Звенигород, 2011, С.35

1. Бавыкин А.С. Коротаева А.А., Сырцев А.В., Тюляндин С.А., Карпухин А.В. ПРЕОДОЛЕНИЕ РЕЗИСТЕНТНОСТИ КЛЕТОК РАКА ТОЛСТОЙ КИШКИ К ОКСАЛИПЛАТИНУ С ПОМОЩЬЮ ТАРГЕТНОГО ИНГИБИРОВАНИЯ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ МАЛЫМИ ИНТЕРФЕРИРУЮЩИМИ РНК.     2012,  Сборник Тезисов «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине»  III международная научно-практическая конференция, стр.57-58: http://postgenom.ru/wp-content/uploads/2013/01/11-12-12-book-of-abstracts-POSGENOME.pdf

1. Апанович Н.В., Коротаева А.А., Маркова А.С., Бавыкин A.С., Шубин В.П., Поярков С.В., Поспехова Н.И., Камолов Б.Ш., Матвеев В.Б., Карпухин А.В.    ИССЛЕДОВАНИЕ МАРКЕРОВ СВЕТЛОКЛЕТОЧНОГО РАКА ПОЧКИ НА ОСНОВЕ КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ПРОФИЛЕЙ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ДЛЯ НДИВИДУАЛИЗАЦИИ ЛЕЧЕНИЯ.   2012,  Сборник Тезисов «Постгеномные методы анализа в биологии, лабораторной и клинической медицине» III международная научно-практическая конференция, стр.309-310: http://postgenom.ru/wp-content/uploads/2013/01/11-12-12-book-of-abstracts-POSGENOME.pdf

1. Бавыкин А.С.1, Коротаева А.А. 1, Поярков С.В. 2, Сырцев А.В. 1, Карпухин А.В. 1    «Таргетная терапия рака на основе блокирования экспрессии генов и малых доз оксалиплатинаСборник по результатам конференции «БИОТЕХНОЛОГИЯ И КАЧЕСТВО ЖИЗНИ» 18-20 марта 2014, Секция «Нанобиотехнологии Медицине», стр. 84-85.

1. Коротаева А.А.1, Бавыкин А.С.1, Карпухин А.В.1   «Разработка новой технологии терапии колоректального рака на основе  функциональной геномики».   Сборник по результатам конференции «БИОТЕХНОЛОГИЯ И КАЧЕСТВО ЖИЗНИ» 18-20 марта 2014, Секция «Нанобиотехнологии Медицине».

1. Bavykin A.S.1, Korotaeva A.A.1, Poyarkov S.V.2, Syrtsev A.V.1, Karpukhin A.V.1     «The development of the next generation therapy of colon cancer by means of siRNAs».    Сборник по результатам международной конференции Сколтеха «Терапия будущего» 25-27 мая, 2014.

1. AS Bavykin, AA Korotaeva, SV Poyarkov, AV Syrtsev, AV Karpukhin.   «Targeted cancer therapy based on blocking the expression of genes and small doses of oxaliplatin».   The Online Journal of Scientific Posters. 2014. ISSN 1754-1417