Здравствуйте!
Начал заниматься биоинформатикой год назад. До этого практиковался в программировании на Stepik. С июня 2023 года работаю в Институте Биологии Гена (ИБГ РАН) в лаборатории "биоинформатики" в качестве старшего лаборанта-исследователя. До этого проходил там стажировку. Основное направление лаборатории - метагеномика и моделирование микробных сообществ, но также периодически поступают и другие задачи, которые я,
по-возможности, выполняю. Одна из них - single-cell анализ изоформ 3`UTR гена orb2 в разных тканях Drosophila melanogaster.

Навыки:
Python - парсинг текстовых файлов, анализ датасетов (Pandas) и построение графиков (Matplotlib, Seaborn);
Snakemake - составление пайплайнов с ветвлением в зависимости от результатов каждого этапа. Не хватает опыта контейнеризации и работе в кластере/облаке (прошел курс на Stepik "Управление вычислениями");
Conda - установка окружений и приложений;
R - работа с датасетами (tidyverse), построение графиков (ggplot2), разрешение конфликтов в зависимостях библиотек;
Git/GitHub - стандартные add-commit-push, ветвление, разрешение конфликтов. Работал чаще один, не хватает опыта командной разработки

Проекты:
1) анализ плазмидома пацииентов с помощью HI-C метагеномики. Моя часть работы заключалась в поиске плазмидных контигов в данных образцов стула ковидных пациентов, построении тепловой карты взаимодействия собранных геномов бактерий на основе найденных плазмидных контигов и данных библиотек HI-C, а также анализ вероятной передачи генов устойчивости к антибиотикам (AMR genes) c помощью HI-C метагеномики. Также сравнения плазмидома макроты и стула пациентов, поиск общих плазмидных контигов.
Для автоматизации процессов освоил Snakemake.

2) Определение чувствительности метода секвенирования гена 16S рРНК бактерий для оценки возможности его применения в клинической практике на примере колоректального рака. Анализ литературы и микробных профилей,выбор вероятностной модели для апроксимации распределения микробных сообществ (пакет fitdist) и на ее основе оценка вероятности ложноотрицательного результата.

Помимо разработки, заинтересован в передачи знаний и навыков и работе в команде.

В свободное время хожу на тренировки и в английские клубы для построения новых контактов и практики Английского языка.

В 2021-2022 волонтерствовал в школе молекулярной и теоретической биологии (ШМТБ) в качестве ментора и помощника в проведении лаборатории для старшеклассников. 

GitHub: https://github.com/alexchist99
Stepik: https://stepik.org/users/34031808/profile
Rosalind: https://rosalind.info/users/Alexandr_Chistyakov/