Опыт биоинформатической обработки данных 4 года. Владею: bash, conda, анализ и визуализация в R и Python, GIT. Применение утилит для картирования прочтений, анализа полиморфизмов, сборки геномов de-novo, метагеномноый анализ. Написание пайплайнов (bash, snakemake). Проводил анализ транскриптомов бактерий, сборку геномов и таксономический анализ в метагеномных данных, глубокий анализ гетерогенности в метагеномных данных для поиска вирусных мульти инфекций.

https://github.com/LeonidPenkin/search_viruses_in_metaRNAseq_snakemake

Опыт работы в геномном центре 2,5 года. Имеется опыт подготовки различных типов библиотек в том числе из сложных объектов (соя, смывы ротовой полости, кровь, сильно деградированные образцы, кал, культура клеток). Написания протоколов подготовки библиотек. Опыт работы на приборах Oxford Nanopore (Gridion, Prometion, Minion).

Выступление на конференциях и школах:
1. ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО НАДЗОРУ В СФЕРЕ ЗАЩИТЫ ПРАВ ПОТРЕБИТЕЛЕЙ И БЛАГОПОЛУЧИЯ ЧЕЛОВЕКА "СЕКВЕНИРОВАНИЕ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ В ДИАГНОСТИКЕ ИНФЕКЦИОННЫХ БОЛЕЗНЕЙ И ТИПИРОВАНИИ ПАТОГЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ". Программа повышения квалификации. САРАТОВ_МОСКВА 2023. Составители программы: ФКУН Российский противочумный институт Роспотребнадзора: Н.А.Осина, Я.М.Краснов, Ю.А. Попов, Е.А. Горельникова, Т.П. Шмельковq Т.А. Малюкова, С.А. Щербакова; ФБУН Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора: А.С. Черкашина, А.В. Валдохина, В.П. Буланенко, Н.П. Николаева, Е.М.Суходольскм, Ю.Н. Спиридонова, Е.В. Соложенко, К.Ф. Хафизов, Е.В. Пимкина; ФБУН Научно-исследовательский инстиryт системной биологии и медицины Роспотребнадзора; В.М. Говорун, Е.Н. Ильина, А.С. Сперанская, А.Е. Самойлов, Л.Н.Пенкин, Е.В. Корнеенко, И.К. Чудинов, Д.В. Кривонос. Участие в написании методологических материалов, а также обучение.
2. ОЦЕНКА БИОИНФОРМАТИЧЕСКИХ МЕТОДОВ И ПРОГРАММ ДЛЯ ПОИСКА ВИРУСОВ НА ПРИМЕРЕ ОБРАЗЦОВ МЕТАТРАНСКРИПТОМА ЛЕТУЧИХ МЫШЕЙ Пенкин Л.Н., Лукина-Гронская А.В., Корнеенко Е.В., Сонец И.В., Самойлов А.Е., Манолов А.И., Сперанская А.С. 11-я Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии (МССМВ). Стендовый доклад.
3. ИССЛЕДОВАНИЕ ВИРОМА В ЕЖАХ E. ROUMANICUS, ОБИТАЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ РОССИИ Лукина-Гронская А.В., Пенкин Л.Н., Корнеенко Е.В., Сонец И.В., Синькова М.А., Литвинова Е.М., Сперанская А.С. Системная биология и биоинформатика (SBB-2023). Тезисы докладов 14-ой международной школы молодых ученых. Новосибирск, 2023. С. 19.
4. ОЦЕНКА МЕТОДОВ ПОДСЧЕТА α-РАЗНООБРАЗИЕ КАК ОДИН ИЗ МЕТОДОВ ОПИСАНИЯ ВИРОМА В ДАННЫХ МЕТАГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ ЛЕТУЧИХ МЫШЕЙ Пенкин Л.Н., Корнеенко Е.В., Лукина-Гронская А.В., Сонец И.В., Самойлов А.Е., Манолов А.И., Сперанская А.С. В книге: Системная биология и биоинформатика (SBB-2023). Тезисы докладов 14-ой международной школы молодых ученых. Новосибирск, 2023. С. 26. Доклад.
5. ДВОЙНАЯ ИНФЕКЦИЯ SARS-COV-2 И ВОЗМОЖНОСТЬ ИДЕНТИФИКАЦИИ СМЕСИ ШТАММОВ В ОБРАЗЦАХ ОТ ПАЦИЕНТОВ С COVID-19 С ПОМОЩЬЮ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ НА OXFORD NANOPORE Сперанская А.С., Пенкин Л.Н., Корнеенко Е.В., Самойлов А.Е., Манолов А.И. В книге: Материалы научно-практических конференций в рамках VIII Российского конгресса лабораторной медицины (РКЛМ 2022). Сборник тезисов. Москва, 2022. С. 28-29.
6. THE POTENTIAL USABILITY OF OXFORD NANOPORE TECHNOLOGY FOR REVEALING OF SARS-COV-2 DUAL INFECTION AND INTRA-HOST VIRAL VARIABILITY IN CLINICAL SAMPLES Penkin L.N., Korneenko E.V., Samoilov A.E., Manolov A.I., Speranskaya A.S. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022). Abstracts the Thirteenth International Multiconference. Novosibirsk, 2022. С. 885.
7. AUTOIMMUNE EFFECT OF ANTIBODIES AGAINST THE SARS-COV-2 NUCLEOPROTEIN Matyushkina D., Shokina V., Pavlenko A., Penkin L., Govorun V., Tikhonova P., Manuvera V., Shirokov D., Kharlampieva D., Lazarev V., Varizhuk A., Vedekhina T., Arapidi G., Pavlov K., Pushkar D., Kolontarev K., Rumyantsev A., Rumyantsev S., Rychkova L. Viruses. 2022. Т. 14. № 6.
8. Mycoplasma--host cell interaction mechanisms at the transcriptomic level L. Penkin L, D. Matyushkina, D. Fedorov the Federation of European Biochemical Societies (FEBS) 2021 P­01.2­23
9. ИССЛЕДОВАНИЕ МЕХАНИЗМОВ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ МИКОПЛАЗМЫ С КЛЕТКОЙ ХОЗЯИНА НА ТРАНСКРИПЦИОННОМ УРОВНЕ Пенкин Л.Н., Матюшкина Д.С., Фёдоров Д.М.: III ОБЪЕДИНЕННЫЙ НАУЧНЫЙ ФОРУМ ФИЗИОЛОГОВ, БИОХИМИКОВ И МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОЛОГОВ. Материалы: VII СЪЕЗД БИОХИМИКОВ РОССИИ. X РОССИЙСКИЙ СИМПОЗИУМ «БЕЛКИ И ПЕПТИДЫ». VII СЪЕЗД ФИЗИОЛОГОВ СНГ. Москва, 2021. С. 165.
10. ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ПОПУЛЯЦИЙ ВОЛГО-УРАЛЬСКОГО РЕГИОНА ПО ДАННЫМ ОБ ИЗМЕНЧИВОСТИ Y-ХРОМОСОМЫ Трофимова Н.В., Литвинов С.С., Хусаинова Р.И., Пенкин Л.Н., Ахметова В.Л., Ахатова Ф.С., Хуснутдинова Э.К. Генетика. 2015. Т. 51. № 1. С. 120.
11. GENETIC CHARACTERIZATION OF POPULATIONS OF THE VOLGA-URAL REGION ACCORDING TO THE VARIABILITY OF THE Y-CHROMOSOME Trofimova N.V., Litvinov S.S., Khusainova R.I., Akhmetova V.L., Akhatova F.S., Khusnutdinova E.K., Penkin L.N. Russian Journal of Genetics. 2015. Т. 51. № 1. С. 108-115.
12. ПРОСТРАНСТВЕННОЕ РАСПРЕДЕЛЕНИЕ LEPTINOTARSADECEMLINEATA SAY И COCCINELLA. SEPTEMPUNCTATA L Китаев К.А., Пенкин Л.Н. В сборнике: XXVII ЛЮБИЩЕВСКИЕ ЧТЕНИЯ. Современные проблемы эволюции и экологии. Сборник материалов международной конференции. Баранцев Р.Г., Зелеев Р.M., Савинов А.Б., Масленников А.В., Артемьева Е.А., Марковцева О.Ю., Бородина О.Е., Малявин С.А., 2013. С. 344-345.