Навыки в общей химии, основные молекулярно-биологические методы для ДНК, РНК (ограничено) и белков, работа с бактериальными клетками, генная инженерия бактерий, планирование NGS экспериментов, отладка и автоматизация лабораторных процедур, культивирование эукариотических клеток и FACS. «Сиквенсная» биоинформатика — работа с геномами, поиск, анализ последовательностей и обработка NGS данных.

На необходимом для биоинформатики уровне: владение Linux, знание Perl, Python и R, опыт в построении веб-сервиса. Статистический анализ данных и визуализация с помощью R и Python. Есть опыт в сборе и анализе данных соц. сети, базовый опыт в Text Mining и Machine Learning.

Дополнииельные интересы: нейробиология, психодиагностика, нормальная и патологическая физиология, биология старения, криобиология, микроскопия, медицинская визуализация, DIY.

Статьи

[1] Application of sorting and next generation sequencing to study 5’- UTR influence on translation efficiency in Escherichia coli / S. A. Evfratov, I. A. Osterman, E. S. Komarova, A. M. Alexandra et al. // Nucleic Acids Research. — 2016. Arcticle In Press.
[2] N6-methylated adenosine in rna:from bacteria to humans / P. V. Sergiev, A. Y. Golovina, I. A. Osterman et al. // Journal of Molecular Biology. — 2016. — Vol. 428, no. 10 Pt B. — P. 2134–2145.
[3 Применение репортерных штаммов для скрининга новых антибиотиков / П. В. Сергиев, И. А. Остерман, А. Я. Головина и др. // Биомедицинская химия. — 2016. — Т. 62, № 2. — С. 117–123.
[4] A bacterial homologue ycih of eukaryotic translation initiation factor eif1 regulates stress-related gene expression and is unlikely to be involved in translation initiation fidelity / I. A. Osterman, S. A. Evfratov, M. M. Dzama et al. // RNA Biology. — 2015. — Vol. 12, no. 9. — P. 966–971.
[5] Common features of antibacterial compounds: an analysis of 104 compounds library / M. S. Veselov, P. V. Sergiev, I. A. Osterman et al. // Biomeditsinskaia khimiia. — 2015. — Vol. 61, no. 6. — P. 785–790.
[6] ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНАЯ ПЛАТФОРМА ДЛЯ СКРИНИНГА НОВЫХ ИНГИБИТОРОВ БИОСИНТЕЗА БЕЛКА / П. В. Сергиев, И. А. Остерман, А. Я. Головина и др. // Вестник Московского университета. Серия 2: Химия. — 2015. — Т. 56, № 6. — С. 79–82.
[7] High expression levels and nuclear localization of novel danio rerio ncrna transcribed from a genomic region containing repetitive elements / O. S. Shubernetskaya, D. A. Skvortsov, S. A. Evfratov et al. // Molecular Biology. — 2014. — Vol. 48, no. 4. — P. 563–572.
[8] Structural features of the telomerase rna gene in the naked mole rat heterocephalus glaber / S. A. Evfratov, E. M. Smekalova, A. V. Golovin et al. // Acta naturae. — 2014. — Vol. 6, no. 2. — P. 41–47.
[9] Comparison of mrna features affecting translation initiation and reinitiation / I. A. Osterman, S. A. Evfratov, P. V. Sergiev, O. A. Dontsova // Nucleic Acids Research. — 2012.

Доклады

2014 What makes an efficient ribosome binding site an efficient ribosome binding site? A study of the randomized libraries exceeding 1 000 000 5’-UTRs. (Устный)
Авторы: Osterman I.A., Evfratov S.A., Andreyanova E.S., Rubtsova M.P., Kostryukova E.S., Govorun V.M., Bogdanov A.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A.
RNA 2014, Canada, Quebec, Канада, 2014

Тезисы докладов

[1] МОДИФИКАЦИЯ РНК. ОТ ПОИСКА ФЕРМЕНТОВ К ПОНИМАНИЮ ФУНКЦИИ / П. В. Сергиев, И. А. Остерман, А. Я. Головина и др. // Научные труды V Съезда физиологов СНГ, V Съезда биохимиков России, Конференции ADFLIM. — Т. 2 из ACTA NATURAE | СПЕЦВЫПУСК. — Сочи, 2016. — С. 14–14.
[2] Evfratov S., Osterman I. Building a predictive model of translation initiator ability of 5'-UTR prokaryotic mRNA //FEBS JOURNAL. – 111 RIVER ST, HOBOKEN 07030-5774, NJ USA : WILEY-BLACKWELL, 2013. – Т. 280. – С. 554-554.