Тема диссертации: "Оценка и применение вкладов фрагментов лиганда в энергию связывания для «скаффолд-бережливой» разработки и оптимизации лигандов". При оптимизации соединения-лидера часто существует потребность максимально задействовать синтетические наработки группы - определенный скаффолд. Максимально задействовать скаффолд рациональным способом можно при помощи оценки “полезности” фрагмента, в частности, скаффолда в рассматриваемой позиции связывания. Оценить полезность можно выделением вклада фрагмента в энергию связывания. Целью работы является разработка и систематическое применение критерия “полезности” скаффолда в процессе оптимизации структур с целью наиболее полной реализации синтетических разработок. На данном этапе работы была проведена апробация подхода. По результатам апробации готовится публикация. Два стендовых доклада на конференциях.

Ключевой исполнитель в научном проекте по
построению пространственной модели
простагландинового рецептора PGE2 человека.
Предложены гипотезы активации рецептора.
Проведен докинг (AutoDock4 и AutoDock Vina) серии
агонистов и антагонистов, на основании которого
исследованы гипотезы. Выявлен вероятный сайт
связывания в рецепторе и сопоставлен с ключевыми
аминокислотами (литературные данные).
Проведена подготовка материала к отчету по гранту,
готовится публикация.

Исполнитель в проекте по построению модели хинон
редуктазы II для оптимизации серии соединений с in
vivo активностью. Проведены валидация сайта
связывания по известных комплексам, предсказания
позиций и энергий связывания лигандов из серии,
предсказаны первичные метаболиты исследуемых
соединений и их связывание с мишенью. На основании
исследований предложено несколько серий структур для
синтеза и биологических испытаний. Также на основе построенной модели с использованием фрагментного подхода была составлена и предложена библиотека новых соединений для дальнейшей оптимизации и последующего синтеза и биологических испытаний.
По проделанной работе готовятся публикации

Аспирантура