Vladimir Z.
middle bioinformaticianFull-time/part-time/distant/relocation available
Looking for a NGS bioinformatician, a pipeline developer positions. Or SMTH directly associated with a bioinformatics.
| Последнее обновление резюме | 13.02.2024 |
| Адрес | Novosibirsk, Russian Federation |
| Электронная почта | Заблокировано |
| Телефон | Заблокировано |
| Соцсеть или сайт | Заблокировано |
Опыт
Junior Researcher
1. Разработка и оптимизация алгоритмов и программ для аннотации клеточных типов в данных single-cell РНК-секвенирования.
2. Исследование и анализ single-cell ассоциированных RNA-seq экспериментов в базах данных NCBI GEO, SRA и других ресурсах для получения релевантной информации.
3. Анализ и интерпретация клеточных фотографий из базы данных Cell Painting с использованием биоинформатических методов.
4. Разработка и оптимизация конвейера обработки сырых данных scRNAseq для получения качественных и надежных результатов.
5. Интеграция и анализ данных single-cell РНК-секвенирования с другими типами данных, такими как геномные, эпигеномные и протеомные данные.
6. Разработка и применение статистических методов для идентификации дифференциально экспрессированных генов и клеточных подтипов в данных single-cell РНК-секвенирования.
7. Визуализация и интерпретация результатов анализа single-cell данных с использованием специализированных инструментов и программного обеспечения.
Research Assistant
Programmer
https://bgrssb.icgbio.ru/2020/
https://bgrssb.icgbio.ru/2022/
https://conf.icgbio.ru/sbb-plantgen-2021/
Lead coder
Изучение документации eutils и взаимодействие с NCBI через eUtils.
Написание и отладка скриптов для работы с eUtils и обработка данных SRA/BioSample.
Изучение структуры NCBI FTP и работы с xml данными SRA и BioSample.
Изучение и использование библиотеки pysradb для работы с данными SRA.
Работа над пайплайном для scRNA-seq данных, включая изучение SQLite, ORM, и методов экстракции интересующих полей.
Senior Assistant
2.Биоинформатический анализ генов, входящих в генные сети заболеваний человека, связанных с нарушением энергетического метаболизма и глухоты
Образование
Биоинформатика
Факультет естественных наук, информационная биология
Факультет естественных наук, информационная биология
В чем вы сильны?
Everything :D
Fill later..
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
https://orcid.org/0000-0002-1414-9231
https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57210988002
Статьи:
1. R.A. Ivanov; V.I. Zamyatin; A.I. Klimenko; T.N. Astakhova; Y.G. Matushkin; A.N. Savostyanov; S.A. Lashin. "Behavior and Depression Gene Networks Reconstruction and Analysis," 2019 International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences (SIBIRCON), 2019, pp. 0361-0365, doi: 10.1109/SIBIRCON48586.2019.8958072
2. Ivanov, R.; Zamyatin, V.; Klimenko, A.; Matushkin, Y.; Savostyanov, A.; Lashin, S. Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities. Genes 2019, 10, 699. https://doi.org/10.3390/genes10090699
3. Mustafin, Z.S.; Zamyatin, V.I.; Konstantinov, D.K.; Doroshkov, A.V.; Lashin, S.A.; Afonnikov, D.A. Phylostratigraphic Analysis Shows the Earliest Origination of the Abiotic Stress Associated Genes in A. thaliana. Genes 2019, 10, 963. https://doi.org/10.3390/genes10120963
4. Замятин В.И., Куляшов М.А., Маслов А.A. ОПРЕДЕЛЕНИЕ ФИЗИЧЕСКИХ ПАРАМЕТРОВ ЯИЦ FICEDULA HYPOLEUCA НА ОСНОВЕ КОМПЬЮТЕРНОГО АНАЛИЗА ФОТОИЗОБРАЖЕНИЙ // Научное обозрение. Биологические науки. – 2020. – № 1. – С. 10-14;
5. Romanov, G. P., Smirnova, A. A., Zamyatin, V. I., Mukhin, A. M., Kazantsev, F. V., Pshennikova, V. G., Teryutin, F. M., Solovyev, A. V., Fedorova, S. A., Posukh, O. L., Lashin, S. A., & Barashkov, N. A. (2022). Agent-Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population. Biology, 11(2), 257. https://doi.org/10.3390/biology11020257
Тезисы:
1. Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Yu., Afonnikov D., Klimontov V., Lashin S. Gene network of type 2 diabetes: Reconstruction and Analysis. // BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology” (Novosibirsk, 2020), pp. 196.
2. Zamyatin V., Mustafin Z., Matushkin Yu., Klimontov V., Lashin S. Gene network of type 2 diabetes and Alzheimer’s disease. Reconstruction and analysis. // Systems Biology and Bioinformatics: The Eleventh International Young Scientists School (Novosibirsk, 2019), pp. 51.
3. Zamyatin V., Mustafin Z., Ignatieva E., Matushkin Yu., Posukgh E., Lashin S. Gene networks of human hearing impairments: reconstruction and analysis. // Systems Biology and Bioinformatics: The Tenth International Young Scientists School (Novosibirsk, 2018)
4. Замятин В. Построение и анализ генной сети нарушений слуха и глухоты человека // Международная научная студенческая конференция, 2018 (Новосибирск, 2018), С. - 13
5. Замятин В. Построение и анализ генных сетей мультифакторных заболеваний // Международная научная студенческая конференция, 2019 (Новосибирск, 2019), С. - 51
6. Замятин В., Мустафин З., Матушкин Ю., Климонтов В., Лашин С. Реконструкция и анализ генной сети сахарного диабета 2 типа // III Российская междисциплинарной научно-практической конференции с международным участием «Сахарный диабет: от мониторинга к управлению» (Новосибирск, 2019), С. – 33-35
7. Замятин В. Реконструкция и популяционный анализ генных сетей генетически обусловленных заболеваний человека // ХХIII Международная экологическая студенческая конференция «Экология России и сопредельных территорий» (Новосибирск, 2018)
8. Лашин С., Мустафин З., Замятин В., Афонников Д., Матушкин Ю., Колчанов Н. Программные средства для комплексного анализа генных сетей // V Международная конференция ПОСТГЕНОМ’2018 «В поисках моделей персонализированной медицины» (Новосибирск, 2018), С - 90