Алина Б.

Биоинформатик, молекулярный биолог
Последнее обновление резюме 21.03.2025
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано

Опыт

Институт молекулярной биологии им. В. А. Энгельгардта
Старший лаборант-исследователь
Мар 2021 - Текущий
Участие в проектах и применяемые методы:

• Исследование роли пиРНК в эпигенетическом преобразовании генных локусов

(Пробоподготовка библиотек малых РНК, анализ экспрессии генов, характера покрытия генома малыми РНК, анализ обогащения генных локусов меткой H3K9me3, пробоподготовка и анализ деградомных библиотек)

• Изучение свойств потенциальных парамутагенных локусов у Drosophila virilis
(Анализ библиотек малых РНК, подбор праймеров для генотипирования, анализ экспрессии генов, скрещивания разных линий дрозофил)

• Написание литературного обзора о феномене парамутации
(Анализ литературы о биохимических механизмах феномена парамутации у дрозофил и нематод, создание иллюстраций в Powerpoint, Biorender)

Образование


НИУ ВШЭ
Авг 2022 - Июн 2024
Закончила магистерскую программу "Анализ данных в биологии и медицине".

Главные курсы: Анализ NGS данных, Молекулярная биология, R, Python,
Прикладная биоинформатика, Статистика, Машинное обучение (базовый курс).

Тема дипломной работы: Изучение пиРНК опосредованного сайленсинга у Drosophila virilis

В чем вы сильны?

Биоинформатические навыки:
• Анализ данных секвенирования коротких РНК (fastqc, trim_galore, bowtie, samtools, bedtools, featureCounts,
custom R scripts)
• Анализ данных ChIP-seq (fastqc, bowtie, samtools, bedtools, macs2, ChIPseeker)
• Анализ данных RNA-seq (fastqc, trim_galore, hisat2, samtools, featureCounts, edgeR, clusterProfiler)
• Работа с базами данных NCBI, FlyBase
• Дизайн праймеров (PrimerBlast, GeneRunner)
• Визуализация данных (IGV, custom R scripts using ggplot2, ggpubr, pheatmap libraries)

Навыки в программировании:
• R (ggplot2, rtracklayer, ggseqlogo, pheatmap, edgeR, clusterProfiler, GenomicRanges, grid, Rsamtools, Biostrings, reshape2)
• Bash (work with files, installation of programs, connecting to server)
• Python (pandas, numpy, matplotlib)

Молекулярно-биологические навыки:
• Выделение, электрофорез ДНК, РНК
• PCR, qPCR
• Пробоподготовка библиотек для секвенирования Illumina
• Пробоподготовка библиотек Oxford Nanopore 1D
• Выделение белков, электрофорез в полиакриламидном геле, Western blot

Языки:
Русский (родной), Английский (B2), Испанский (A1)

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Публикации и конференции:

Kulikova DA, Bespalova AV, Zelentsova ES, Evgen'ev MB, Funikov SY. Epigenetic Phenomenon of Paramutation in Plants and Animals. Biochemistry (Mosc). 2024;89(8):1429-1450. doi:10.1134/S0006297924080054

14th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure / Systems biology”. Novosibirsk, Russia, 2024. Oral presentation.

All-Russian Scientific Youth Conference "Genomics and Biotechnology of microorganisms" Vladivostok, Russia, 2023. Poster presentation.