Биоинформатика:

• Linux-shell
• Языки программирования: Bash, R, Python (начальный уровень), SQL (начальный уровень)
• Создание скриптов для обработки данных NGS
• Анализ ампликонов 16S рРНК (QIIME2)
• Сборка геномов и метагеномов от анализа качества прочтений до аннотации геномов (SPAdes, MEGAHIT)
• Инструменты для выравнивания последовательностей (BLAST, Bowtie2, HISAT2)
• Проведение таксономического и функционального анализа с помощью различных пайплайнов (MetaPhlAn, HUMAnN, Kraken2 и др.)
• Анализ транскриптомов (HISAT2, StringTie, Ballgown)
• Chip-seq анализ (Bowtie, Samtools, MACS3)

Статистика:

• Уверенное программирование на языке R
• Работа с базовым пакетом и библиотеками (dplyr, rstatix, ggraph, ggplot2 и др.)
• Основные инструменты статистики (проверка распределения, параметрические и непараметрические тесты, дисперсионный анализ, корреляция, регрессионный анализ), подбор критериев
• Анализ дифференциальной экспрессии (DESeq2, limma)

Статьи:

Seed Bacterial Microbiome in Spring Bread Wheat Varieties of the Ural-Siberian Forest-Steppe Ecogeographical Group R. Yuldashev, D. Maslennikova, I. Koryakov, N. Gerasimov, K. Kuznetsov, A. Suleymanov, Ch. Allagulova, A. Avalbaev, E. Ponomareva, and U. Yunusbaev // Russian Journal of Plant Physiology. – 2026. – Т. 73. – №. 2. – С. 81.

Тезисы на конференциях:

«Характеристика геномов потенциальных пробиотических штаммов Limosilactobacillus fermentum, полученных из традиционных кисломолочных напитков» Бруслик Н.Л., Хуснутдинова Д.Р., Маркелова М.И., Пономарева Е.Р., Тюрин Ю.А., Яруллина Д.Р.,      XXIII научная конференция молодых ученых и специалистов с международным участием "Молодые ученые - медицине", 24 мая 2024 года, Владикавказ

«Анализ геномов штаммов лактобацилл с установленным пробиотическим потенциалом» Бруслик Наталия Леонидовна, Хуснутдинова Диляра Рашидовна, Маркелова Мария Ивановна, Пономарева Елизавета Романовна, Тюрин Юрий Александрович, Яруллина Дина Рашидовна, III Международная конференция «Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов», 23-24 ноября 2024 года, Москва

«Влияние агроприемов на генетический потенциал микробиоты почв Приобья, связанный с метаболизмом азота» Е. Пономарева, М. Маркелова, А. Данилова, Мульти-школа Молодых Ученых, объединяющая традиционную 15-ю Школу «Системная биология и Биоинформатика» SBB-2024 («Systems biology and Bioinformatics») и 4-ю Школу молодых ученых «Генетика, геномика, биоинформатика и биотехнология растений» PlantGen School 2024 («Plant genetics, genomics, bioinformatics and biotechnology»), 25-30 ноября 2024, Новосибирск

«Изменения структуры сообщества кишечных лактобацилл в ответ на биологическую терапию при воспалительных заболеваниях кишечника» Хуснутдинова Д.Р., Маркелова М.И., Синягина М.Н., Сенина А.М., Пономарева Е.Р., Абдулхаков С.Р., Григорьева Т.В., IХ Всероссийский конгресс по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии (XXVIII Кашкинские чтения), 5-6 июня 2025 года, Санкт-Петербург

«Влияние биологической терапии на представленность кишечных лактобацилл при воспалительных заболеваниях кишечника» Д.Р. Хуснутдинова, М.И. Маркелова, М.Н. Синягина, Е.А. Куприянова, Е.Р. Пономарева, С.Р. Абдулхаков, Т.В. Григорьева, XI Всероссийский форум молодых исследователей ХимБиоSeasons 2025, 10-18 апреля 2025 года, Калининград

«Изменения структуры сообщества кишечных лактобацилл в ответ на биологическую терапию при воспалительных заболеваниях кишечника» Хуснутдинова Д.Р., Маркелова М.И., Синягина М.Н., Сенина А.М., Пономарева Е.Р., Абдулхаков С.Р., Григорьева Т.В., IХ Всероссийский конгресс по медицинской микробиологии, клинической микологии и иммунологии (XXVIII Кашкинские чтения), 5-6 июня 2025 года, Санкт-Петербург

«Влияние эрадикации Helicobacter pylori на таксономический состав микробиоты и содержание короткоцепочечных жирных кислот кишечника» Пономарева Е.Р., Маркелова М.И., Синягина М.Н., Куприянова О.В., Абдулхаков С.Р., Григорьева Т.В., 12-я Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии (МССМВ), 31 июля – 3 августа 2025 года, Москва

«Микроэволюционные процессы в геномах резидентных штаммов микробиоты кишечника человека: анализ однонуклеотидных полиморфизмов» Данилова О., Сенина А., Маркелова М., Пономарева Е., Максимова К., Синягина М., Хуснутдинова Д., Григорьева Т., Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов, 25 октября 2025 года – 27 октября 2025 года, Москва

«Functional diversity of resident strains in the human gut microbiota» Данилова О., Сенина А., Маркелова М., Пономарева Е., Максимова К., Синягина М., Хуснутдинова Д., Григорьева Т., Форум генетических технологий «Сириус. ТехноГенетика» 2025, 10 ноября 2025 года – 14 ноября 2025 года, Сочи

«ВЛИЯНИЕ ЭРАДИКАЦИОННОЙ ТЕРАПИИ H. PYLORI НА ДИНАМИКУ РЕЗИСТОМА КИШЕЧНИКА» Пономарева Е.Р., Синягина М.Н., Абдулхаков С.Р., Григорьева Т.В. СТУДЕНЧЕСКИЙ БИОХИМИЧЕСКИЙ ФОРУМ 2026, 17 апреля 2025 года – 19 апреля 2025 года