Александр С.

Физик-теоретик, желающий переквалифицироваться в биоинформатики

Ищу работу в области биоинформатики.

Последнее обновление резюме 26.04.2016
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано

Опыт

InsideDNA
Биоинформатик
Мар 2016 - Текущий
Занимаюсь анализом производительности и точности биоинформатических программ.
Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН
Инженер-исследователь
Фев 2011 - Сен 2013
Под руководством проф. М.А. Ханина занимался математическим моделированием динамики сложных биохимических систем (система комплемента и свертывания крови). Существенная часть работы была посвящена разработке и реализации теоретического метода определения неизвестных констант скоростей реакций на основе оптимизационной процедуры. Программный код был написан на C++ и Python.
НИЦ "Курчатовский институт"
Инженер-исследователь
Авг 2009 - Текущий
В Курчатовском институте в составе группы проф. А.И. Рязанова я занимаюсь задачами радиационной физики твёрдого тела. Принимаю участие в двух проектах.
1) Математическое моделирование воздействия высокоэнергетичных пучков протонов на материалы коллиматоров Большого Адронного Коллайдера (для CERN, Женева):
Мной был разработан и развивается программный комплекс для математического моделирования задачи. В основу численного счёта положен метод Годунова. Код написан на языке FORTRAN. Обработка результатов расчетов в MATLAB.
2) Разработка теоретической модели радиационной стойкости транзистора при воздействии ионизирующего излучения (для РФЯЦ-ВНИИЭФ, Саров):
Разработана и развивается программа для математического моделирования распространения тепла в транзисторе под воздействием нейтронного облучения. В основу численного счета положен метод конечных элементов. Код написан на C++. Обработка результатов расчетов в MATLAB.

Образование

Факультет экспериментальной и теоретической физики, Прикладная физика и математика
Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ»
Сен 2003 - Июл 2009

В чем вы сильны?

Имею большой опыт написания программ для математического моделирования с использованием как персональных компьютеров, так и вычислительных кластеров. Во время почти трёхлетней работы над проектом в области вычислительной биологии я хорошо изучил основы клеточной и молекулярной биологии, а также генетики. Позже самостоятельно освоил основы методов работы с NGS-данными. Посещаю Московскую школу биоинформатики в качестве вольнослушателя.

Навыки в области биоинформатики:

  • Работа с биологическими базами данных;
  • Базовые навыки сборки геномов de novo и выравнивания ридов на референсный геном, поиска и аннотации генов;
  • Опыт работы со специализированными программами (FastQC, Trimmomatic, Bowtie2, SAMtools, VCFtools, IGV, SPAdes, Glimmer, GeneMarkS).

Компьютерные навыки:

  • Языки программирования: C/C++, Python, FORTRAN;
  • Параллельные вычисления: OpenMP, MPI;
  • Научное ПО: MATLAB, Maple, Mathematica, gnuplot.
  • Системы контроля версий: Git, Mercurial;
  • Другое: работа в командной строке UNIX и написание bash-скриптов, LaTeX, SQL;
  • Веб-разработка: PHP (CakePHP, Yii), HTML, CSS, JavaScript (jQuery).

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Хобби и интересы:

  • Активно участвую в английских разговорных клубах и языковом обмене с носителями языка;
  • Участвую во встречах сообщества LessWrong;
  • Интересуюсь применением новых технологий в образовании. Интенсивно использую онлайн-ресурсы, и в частности MOOC, для самообразования.