Геннадий Ф.
опытный программист-биоинформатикРаботу (желательно удалённую) на полный день.
Хочу разрабатывать алгоритмы, применять машинное обучение, строить математические модели, решать задачи оптимизации.
| Последнее обновление резюме | 10.08.2022 |
| Адрес | Долгопрудный, Russian Federation |
| Электронная почта | Заблокировано |
| Телефон | Заблокировано |
Опыт
Московский физико-технический институт (государственный университет)
Ассистент Кафедры информатики и вычислительной математики.
Ассистент Кафедры информатики и вычислительной математики.
Авг 2020
- Текущий
Преподавание “Advanced Python” и “Алгоритмы и структуры данных” для младшекурсников 4 часа в неделю.
Центральный НИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора
Программист-биоинформатик в группе биоинформатики Отдела молекулярной диагностики
Программист-биоинформатик в группе биоинформатики Отдела молекулярной диагностики
Июн 2013
- Текущий
• Участвовал в дизайне и реализовал с нуля сборщик высоковариабельных вирусных геномов (https://github.com/gFedonin/VirGenA) способный разделять и собирать многокомпонентные смеси вирусов для обнаружения низкочастотных вариантов в клинических образцах [1], который использовался для сборки вирусных генов в нескольких проектах[2–4];
• Разработал конвейер для обработки данных NGS для M. tuberculosis [5,6];
• Использовал машинное обучение для GWAS сам и руководил работой студента [5];
• Разработал алгоритм кластеризации вирусных геномов, строил филогенетические деревья и восстанавливал предковые генотипы и фенотипы для M. tuberculosis и SARS-CoV-2 [7];
• Реализовал алгоритм семплирования подграфов графа контактов белка для оценки статистической значимости эпистатических взаимодействий в митохондриальных белках [8];
• Разработал параллельный алгоритм для широкомасштабной филодинамики;
• Реализовал стохастическую MCMC модель динамики SARS-CoV-2. Результаты использовались в отчёте для оперативного штаба по борьбе с SARS-CoV-2 в России;
• Участвовал в подготовке публикаций.
Работал 25 часов в неделю в марте 2019 - апреле 2020, остальное время - полный рабочий день.
• Разработал конвейер для обработки данных NGS для M. tuberculosis [5,6];
• Использовал машинное обучение для GWAS сам и руководил работой студента [5];
• Разработал алгоритм кластеризации вирусных геномов, строил филогенетические деревья и восстанавливал предковые генотипы и фенотипы для M. tuberculosis и SARS-CoV-2 [7];
• Реализовал алгоритм семплирования подграфов графа контактов белка для оценки статистической значимости эпистатических взаимодействий в митохондриальных белках [8];
• Разработал параллельный алгоритм для широкомасштабной филодинамики;
• Реализовал стохастическую MCMC модель динамики SARS-CoV-2. Результаты использовались в отчёте для оперативного штаба по борьбе с SARS-CoV-2 в России;
• Участвовал в подготовке публикаций.
Работал 25 часов в неделю в марте 2019 - апреле 2020, остальное время - полный рабочий день.
Институт общей генетики имени Вавилова (ИОГен РАН)
Биоинформатик в группе биоинформатики в лаборатории эволюционной геномики.
Биоинформатик в группе биоинформатики в лаборатории эволюционной геномики.
Апр 2012
- Июн 2013
Анализировал RNA-seq мышей и ChIP-seq людей: искал дифференциально экспрессирующиеся гены и сайты дифференциального метилирования гистонов [9–11].
Институт проблем передачи информации имени Харкевича (ИППИ РАН)
Стажёр-исследователь в Учебно-научном центре “Биоинформатика”
Стажёр-исследователь в Учебно-научном центре “Биоинформатика”
Окт 2008
- Апр 2012
Применял машинное обучение для предсказания сайтов связывания факторов транскрипции [12,13], корреляций между эпигенетическим состоянием и пространственной близостью геномных доменов [14] и первичной специфичности матриксных металлопротеиназ человека [15].
Сохраняю аффиляцию.
Сохраняю аффиляцию.
Образование
Институт проблем передачи информации имени Харкевича (ИППИ РАН)
Учебно-научный центр “Биоинформатика”
Учебно-научный центр “Биоинформатика”
Авг 2008
- Июн 2011
Аспирантура.
Диссертация была представлена, но не защищена.
Всё ещё планирую защищаться.
Диссертация была представлена, но не защищена.
Всё ещё планирую защищаться.
Московский физико-технический институт (государственный университет)
Факультет управления и прикладной математики.
Факультет управления и прикладной математики.
Авг 2006
- Июн 2008
Магистр прикладной математики и физики.
Специализация: интеллектуальный анализ данных (машинное обучение).
Специализация: интеллектуальный анализ данных (машинное обучение).
Московский физико-технический институт (государственный университет) .
Факультет управления и прикладной математики.
Факультет управления и прикладной математики.
Авг 2002
- Июн 2006
Бакалавр прикладной математики и физики.
Специализация: системное программирование.
Специализация: системное программирование.
В чем вы сильны?
Пришёл в биоинформатику после окончания МФТИ, специализация в магистратуре - машинное обучение. В аспирантуре применял его к разным задачам, потом диапазон задач и инструментов сильно расширился. Сейчас у меня 14 лет опыта, в основном в геномике патогенов, но также есть опыт в геномике человека, транскриптомике и эпигеномике.
Я умею и люблю создавать эффективные (параллельные) алгоритмы: написал собственный картировщик коротких чтений и сборщик генома. У меня большой опыт в филогенетике, создании конвейеров для NGS, есть опыт рационального дизайна белков, эпидемиологического моделирования.
Руководил биоинформатической частью в нескольких больших проектах, от концепции до финального решения или прототипа (включая переговоры с заказчиком), руководил работой студентов, собеседовал потенциальных коллег.
Пишу на Python (biopython, sklearn, pyMC3 и emcee, …) и Java, немного на Go, имел дело с R, когда-то писал на C и C#.
Также есть опыт преподавания: лекции, практические занятия и хакатоны для школьников, студентов и взрослых.
Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби
- Fedonin GG, Fantin YS, Favorov AV, et al. VirGenA: a reference-based assembler for variable viral genomes. Brief. Bioinform. 2017;
- Kireev DE, Lopatukhin AE, Neverov AD, et al. Development of Molecular Technique for Deep Sequencing of Almost Full HIV Genome. AIDS Res. Hum. Retroviruses 2014; 30:A182–A182
- Kireev DE, Lopatukhin AE, Murzakova AV, et al. Evaluating the accuracy and sensitivity of detecting minority HIV-1 populations by Illumina next-generation sequencing. J. Virol. Methods 2018; 261:40–45
- Safonova M.V., Dedkov V.G., Gmyl A.P., et al. Analysis of a genetic diversity of Kemerovo virus and its phylogenetic relationships to the Great Island virus group. Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items 2018; 17–27
- Reshetnikov KO, Bykova DI, Kuleshov KV, et al. Feature selection and aggregation for antibiotic resistance GWAS in Mycobacterium tuberculosis: a comparative study. 2022; 2022.03.16.484601
- Burkina M, Nazarov I, Panov M, et al. Inductive Matrix Completion with Feature Selection. Comput. Math. Math. Phys. 2021; 61:719–732
- Neverov A.D., Fedonin G.G., Bykova D.I., et al. Evidence for coordinated evolution at SARS-CoV-2 spike sites that carry Omicron characteristic mutations - SARS-CoV-2 coronavirus. Virological 2021;
- Neverov AD, Popova AV, Fedonin GG, et al. Episodic evolution of coadapted sets of amino acid sites in mitochondrial proteins. PLOS Genet. 2021; 17:e1008711
- Gunbin KV, Ponomarenko MP, Suslov VV, et al. Evolution of Brain Active Gene Promoters in Human Lineage Towards the Increased Plasticity of Gene Regulation. Mol. Neurobiol. 2018; 55:1871–1904
- Gusev FE, Reshetov DA, Mitchell AC, et al. Chromatin profiling of cortical neurons identifies individual epigenetic signatures in schizophrenia. Transl. Psychiatry 2019; 9:1–10
- Gusev FE, Reshetov DA, Mitchell AC, et al. Epigenetic-genetic chromatin footprinting identifies novel and subject-specific genes active in prefrontal cortex neurons. FASEB J. 2019; 33:8161–8173
- Fedonin GG, Gelfand MS. Machine Learning Study of DNA Binding by Transcription Factors from the LacI Family. Pattern Recognit. Bioinforma. 2010; 15–26
- Fedonin GG, Rakhmaninova AB, Korostelev YD, et al. Machine learning study of DNA binding by transcription factors from the LacI family. Mol. Biol. 2011; 45:667
- Khrameeva EE, Mironov AA, Fedonin GG, et al. Spatial Proximity and Similarity of the Epigenetic State of Genome Domains. PLOS ONE 2012; 7:e33947
- Fedonin GG, Eroshkin A, Cieplak P, et al. Predictive models of protease specificity based on quantitative protease-activity profiling data. Biochim. Biophys. Acta BBA - Proteins Proteomics 2019; 1867:140253
Учу испанский и китайский, раньше - танцы, ролевые игры, кроссфит.