Алексей М.

Биоинформатик-разработчик (Python)

Ищу удаленную работу по направлению биоинформатики и разработки на Python. Могу автоматизировать обработку данных секвенирования, писать пайплайны и алгоритмы анализа (Смит-Ватерман, Phred Score). Имею большой опыт в микробиологии в НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи, что помогает мне писать код, понимая биологическую суть задач

Последнее обновление резюме 17.03.2026
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано
Соцсеть или сайт Заблокировано
Дата рождения 1985/07/09
Телефон +79067655854
Согласие на обработку данных Я подтверждаю, что ознакомлен(а) и даю свое согласие на обработку и передачу моих персональных данных в соответствии с <a href="https://drive.google.com/file/d/12zJUA7g0y1JCem41g5dtUCiwv0H9NbjL/view?usp=sharing">Политикой в области обработки и обеспечения безопасности персональных данных</a> и настоящим <a href="https://drive.google.com/file/d/1JtzC6jo4YwG8lUk2uH3VQQvTGmM9pGQC/view?usp=sharing">Согласием на передачу персональных данных</a>

Опыт

НИЦЭМ имени Н.Ф. Гамалеи
Микробиолог / Биоинформатик-разработчик (Python)
Сен 2011 - Текущий
Текущий статус: Работа младшим научным сотрудником в ФГБУ «НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Автоматизация и биоинформатика (Python): Спроектировал и внедрил программный комплекс для автоматизированной обработки данных секвенирования по Сэнгеру (.ab1, .fasta). С помощью данного ПО полностью автоматизировал сборку консенсусов и интерпретацию результатов молекулярного типирования (emm-typing) стрептококков группы А.

Метагеномные исследования: Выполнял биоинформатическую обработку данных секвенирования 16S рРНК, полученных на платформе Oxford Nanopore на базе сервиса Galaxy. Реализовал пайплайны по таксономическому анализу, оценке Alpha- и Beta-разнообразия микробных сообществ и визуализации филогенетического состава.

Научно-исследовательская деятельность: Осуществлял сбор и комплексную характеристику клинических изолятов:
Staphylococcus aureus (на базе НМИЦ ТО им. Н.Н. Приорова);
Streptococcus pyogenes (на базе ГКБ им. С.П. Боткина).
Для всех выделенных штаммов изучал профили антибиотикорезистентности и интенсивность процессов биопленкообразования.

Занимался разработкой и валидацией ИФА тест-систем для детекции пирогенного экзотоксина типа А у Streptococcus pyogenes.

Образование


РГМУ
Сен 2005 - Май 2011

В чем вы сильны?

Клиническая микробиология: Сбор и характеристика клинических изолятов Staphylococcus aureus и Streptococcus pyogenes. Изучение антибиотикорезистентности и процессов биопленкообразования у выделенных штаммов.

Молекулярная диагностика и ПЦР: Проведение молекулярного типирования (emm-typing) и детекция генов пирогенных экзотоксинов у S. pyogenes. Детекция генов энтеротоксинов у S. aureus методом ПЦР.

Разработка тест-систем: Валидация и практическое применение ИФА тест-систем для детекции пирогенного экзотоксина типа А у S. pyogenes.

Биоинформатическая разработка (Python): Создание автономных пайплайнов для автоматизированной обработки данных секвенирования по Сэнгеру. Сборка высокоточных консенсусов emm-генов Streptococcus pyogenes, алгоритмический тримминг по Phred Score.

Алгоритмическая база: Реализация методов локального выравнивания (Смит-Ватерман) для автоматической верификации аллелей emm-типов по протоколам CDC

Метагеномные исследования: Выполнял биоинформатическую обработку данных секвенирования 16S рРНК, полученных на платформе Oxford Nanopore на базе сервиса Galaxy. Реализовал пайплайны по таксономическому анализу, оценке Alpha- и Beta-разнообразия микробных сообществ и визуализации филогенетического состава.

Анализ данных и визуализация: Экспертная интерпретация результатов секвенирования, ПЦР и ИФА. Использование библиотек Pandas, Seaborn и Biopython для глубокого анализа биомедицинских данных и генерации отчетности.

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Мои публикации на ORCID

Современный художник по направлению Science Art.