Алексей К.

Начинающий биоинформатик

Работу стажером-биоинформатиком. Место для написания выпускной квалификационной работы. 

Последнее обновление резюме 30.11.2019
Адрес Москва, Russian Federation
Электронная почта Заблокировано
Телефон Заблокировано

Опыт

ФГБНУ МГНЦ имени Н.П. Бочкова
Научный Сотрудник
Июл 2019 - Текущий
Исследование патогенности генетических вариантов для рака желудка, визуализация данных для публикаций, проведения исследования по аномальному деметилированию и эктопической экспрессии при различных молекулярных подтипах РМЖ и исследование эпигенетического ландшафта аномального метилирования.
ФГБНУ МГНЦ имени Н.П. Бочкова
Лаборант - исследователь
Ноя 2017 - Июл 2019
1. Исследование патогенности новых генетических вариантов для рака желудка:
-Использование программ PolyPhen2, SIFT, MutationTaster, SNPs&GO, MutPred2 для оценки патогенности новых вариантов
-Предсказание изменения стабильности белка с помощью софта I-Mutant2.0

2. Идентификация соматических вариантов для рака желудка:
-Применение пакета GATK, конкретно MuTect2 для данных NGS
-Написание тула на Python и R для автоматизации
ФГБУ РКНПК МЗ РФ
Программист 2 категории
Авг 2015 - Май 2018
Формирования данных для дальнейшей загрузки в различные системы ОМС, написание вспомогательных скриптов на Python, поиск и устранение ошибок в данных.
ИПУ РАН
Инженер-Программист
Авг 2014 - Окт 2017
Применение многостадийных марковских и полумарковских моделей к данным рака предстательной железы. В мои обязанности входило:
-Статистические анализ данных на языке программирования R
-Визуализация различных данных на языке программирования R
-Чтение мануалов для различных пакетов R
-Оценка ожидаемой продолжительности жизни пациентов.
-Вероятностное прогнозирование перехода пациента из одного состояния в другое
-Применение марковских и полумарковских моделей для исследования влияния возраста пациента на болезнь
ИПУ РАН
Техник
Сен 2012 - Авг 2014
Разработка программного комплекса на языке Matlab для назначения лечения рака предстательной железы, в мои обязанности входило:
-Изъятие данных из базы данных на языке SQL
-Анализ данных, составление различных информационных таблиц для описания данных
-Написание программы на системе MATLAB для классификации данных методом Наивного Байеса по смешанным признакам.

Образование

ПМГМУ им. Сеченова
Биология
Сен 2017 - Июн 2019
Учусь в магистратуре по специальности "Биология"

МГТУ МИРЭА
Авг 2009 - Июн 2014
Кафедра "Биомедицинской электроники"

В чем вы сильны?

Навыки:

  • Python
  • R, MatLab
  • Базовые навыки SQL
  • Контроль версий(git)
  • Статистический анализ данных
  • Базовые навыки молекулярной биологии и генетики
  • Machine Learning(Базовые навыки)
  • FASTQC, bamtools,samtools,vcftools, GATK и другие биоинформатические тулы(Базовый уровень)
  • Основные биологические базы данных(Genbank, Swiss-Prot,dbSNP,OMIM, COSMIC)

Научные интересы:

  • Анализ биологических последовательностей
  • Поиск и интерпретация патогенности генетических вариантов
  • Применение методов machine learning в медицинских и биологических задачах
  • Эпигенетика
  • Онкогенетика
  • Медицинская генетика

Расскажите о себе что-нибудь еще: публикации, конференции, хобби

Участие в научных конференциях:

  • Sechenov International Biomedical Summit 2018
  • Molecular Analysis for Personalized Therapy 2018
  • II Российская зимняя Школа молодых ученых и врачей по фармакогенетике, фармакогеномике и персонализированной терапии
  • ESMO World Gastrointestinal Cancer Congress 2019
  • Molecular Analysis for Personalized Therapy 2019

Публикации тезисов научных конференций:

  • Kalinkin, AI; Strelnikov, VV; Ignatova, EO; Kekeeva, TV; Nemtsova, MV; Zaletaev, DV; Poddubskaya, EV; Kuznetsova, EB; Tanas, AS; ,78P Leukotriene B4 receptors as a therapeutic target for triple-negative breast cancer,Annals of Oncology,29,suppl_6,mdy314. 019,2018,Oxford University Press
  • Kalinkin, A; Tanas, A; Kuznetsova, E; Alekseeva, E; Bykov, I; Kchorobryh, T; Kirillova, K; Zaletaev, D; Strelnikov, V; Nemtsova, M; ,P-055 Somatic and germline genetic variants of gastric cancer in Russian patients identified by NGS,Annals of Oncology,30,Supplement_4,mdz155. 054,2019,Oxford University Press
  • Калинкин, АИ; Сигин, ВО; Стрельников, ВВ; Игнатова, ЕО; Кекеева, ТВ; Немцова, МВ; Залетаев, ДВ; Поддубская, ЕВ; Кузнецова, ЕБ; Танас, АС;  Метилирование гена LTB4R как маркёра потенциальной чувствительности трижды негативного рака молочной железы к ингибиторам лейкотриеновых рецепторов,Фармакогенетика и фармакогеномика,,2,,2018,Общество с ограниченной ответственностью «Издательство ОКИ»
  • Kalinkin, AI; Nemtsova, MV; Zaletaev, DV; Sigin, VO; Ignatova, E; Kuznetsova, EB; Strelnikov, VV; Tanas, AS; 57P Leukotriene B4 receptors abnormal gene expression is associated with either shorter or longer survival in breast cancer patients depending on the intrinsic tumour molecular subtype,Annals of Oncology,30,Supplement_7,mdz413. 061,2019,Oxford University Press

Публикации:

Marianna E. Ivanova, Vladimir N. Trubilin, Dmitry S. Atarshchikov, Andrey M. Demchinsky, Vladimir V. Strelnikov, Alexander S. Tanas, Olga M. Orlova, Anton S. Machalov, Kira V. Overchenko, Tatiana V. Markova, Daria M. Golenkova, Kirill I. Anoshkin, Ilya V. Volodin, Dmitry V. Zaletaev, Andrey A. Pulin, Irina I. Nadelyaeva, Alexey I. Kalinkin & Debmalya Barh(2018) Genetic screening of Russian Usher syndrome patients toward selection for gene therapy, Ophthalmic Genetics,DOI: 10.1080/13816810.2018.1532527

Genome-wide methylotyping resolves breast cancer epigenetic heterogeneity and suggests novel therapeutic perspectives
Alexander S Tanas, Vladimir O Sigin, Alexey I Kalinkin, Nikolai V Litviakov, Elena M Slonimskaya, Marina K Ibragimova, Ekaterina O Ignatova, Olga A Simonova, Ekaterina B Kuznetsova, Tatiana V Kekeeva, Sergey S Larin, Elena V Poddubskaya, Ivan D Trotsenko, Viktoria V Rudenko, Kristina O Karandasheva, Kseniya D Petrova, Matvey M Tsyganov, Irina V Deryusheva, Polina V Kazantseva, Artem V Doroshenko, Natalia A Tarabanovskaya, Galina G Chesnokova, Marina I Sekacheva, Marina V Nemtsova, Vera L Izhevskaya, Sergey I Kutsev, Dmitry V Zaletaev, and Vladimir V Strelnikov
Epigenomics 2019 11:6, 605-617
 
Немцова М.В., Калинкин А.И., Танас А.С., Хоробрых Т.В., Быков И.И., Кириллова К.И., Алексеева Е.А., Кузнецова Е.Б., Залетаев Д.В., Стрельников В.В. Спектры герминальных и соматических
мутаций при диффузном и интестинальном типах рака желудка. Медицинская генетика. 12.2018;
17(11):11-14. DOI: 10.25557/2073-7998.2018.11.11-14