Знание языков

Русский – родной

Английский – читаю профессиональную литературу

Навыки, технологии

Ремонт ПК, Веб-программирование, ООП, DDD, BIGDATA, языки программирования, командная строка Unix, Docker, OpenStack, антивирусные средства, Microsoft Office, сборка геномов, оценка качества сборки, аннотация генов, поиск SNV, поиск химерных белков

Языки программирования

C/C++ опыт более 5 лет, Python опыт более 3 лет, BASH опыт более 3 лет, Java опыт около года, Visual Basic, R, HTML4.01/CSS3/JavaScript опыт около 2 лет, AngularJS опыт около года, PHP опыт около года

Знание операционных систем

Windows – продвинутый пользователь, администратор

Unix (Linux) – продвинутый пользователь, администратор, свободно владею командной строкой

Биоинформатические программы

AutoDock 4.2, AutoDock Vina, SOL, Aplite, VMD, NAMD, Open Babel, PyMOL, Jmol, JalView, Mopac, Mega, MGLTools, PTools, Emboss, BLASR, ChemSketch, Origin, Bowtie, BWA, FastQC, SOAPFuse, Chimerascan, FuMa, Ericscan, SAMtools, Trimmomatic

Биоинформатические базы данных

Pubmed, PDB, PDBe, PDBBind, ChemSpider, SwissParam, Swissprot, Uniprot, Brenda, UCSC, Ensembl, Cath

Биоинформатические online сервисы

Blast, Muscle, T-coffee, VEP, Chemmine-tools, Mutalyzer, KEGG, SwissParam.ch, chemspider, Galaxy

Личные достижения

2015, Москва

Капитан команды-победительницы первого биоинформатического хакатона (genehack.ru), завоевавшей специальный приз от компаний In Silico Medicine и ПОНКЦ.

Дополнительная информация

Научные интересы

Биоинформатика, биоинформатический софт, геномные исследования, докинг, трехмерные структуры белков и других макромолекул, автоматизация вычислений, облачные системы, bigdata, контейнеризация (docker).

Обо мне

Я быстро обучаюсь, могу научиться программировать практически на любом языке. Прекрасно владею компьютером. Хорошо вписываюсь в любой коллектив.

Я коммуникабельный и ответственный. Имею лидерские качества.

Люблю волейбол и другие активные игры.

Не имею вредных привычек.

Преподавал биологию, молекулярную биологию, программирование  и разработку сайтов в математическом лагере «Слон».

Участие в биоинформатических проектах

2012 – 2015, Москва

Разработка программы PDBParser (С++) в рамках автоматической системы докинга.

Это многофункциональная программа позволяет выполнять большое количество разных манипуляций с файлами в формате PDB. Также имеется возможность обработки файлов для подготовки рецепторов и лигандов к докингу и анализа полученных результатов. Основные функции:

·         Исправление некоторых ошибок записи файлов в формате PDB

·         Сортировка атомов, остатков

·         Сортировка атомов внутри каждого остатка по шаблону

·         Разделение структур на мономеры (цепи)

·         Выделение, удаление лигандов

·         Добавление лигандов в структуру белков

·         Автоматическое определение нужного для выделения лиганда по списку растворителей и детергентов

·         Построение ROC кривых и вычисление AUC значений

·         Анализ и компоновка результатов докинга, проведенного с помощью программы AutoDock 4.2 и AutoDock Vina

·         Создание файлов со структурами лигандов на основе результатов докинга

·         Восстановление формата PDB после обработки программой MOPAC

·         Восстановление формата PDB после работы в программе NAMD

·         Исправление формата PDB после обработки программой Open Babel

·         Поворот всех атомов на определенный угол

 

2012 – 2015, Москва

Разработка автоматической системы для проведения молекулярного докинга (С++, bash).

 

2015, Лейден, Нидерланды

Разработка программного комплекса для помощи врачам в лечении пациентов в зависимости от их генотипа. В рамках проекта «CYP2D6 genotyping using the single-molecule real-time PacBio RSII» на «Летней биоинформатической школе 2015 в Leiden University Medical Center для студентов факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ». Куратор: Seyed Yahya Anvar, Systems Biology, Bioinformatics at Leiden University Medical Center, Leiden.

Написан комплекс программ на python, bash, R, php/html/css/js для автоматического нахождения лучших генотипов для последовательностей генов пациентов. Результаты выводятся в графическом представлении в виде нескольких html страниц. Автоматизированность позволяет пользоваться программами не вникая в технические подробности, графическое отображение – легче анализировать полученные результаты.

 

Повышение квалификации, курсы

Институт биоинформатики, http://bioinformaticsinstitute.ru/

2015

Интенсив по геномной биоинформатике

Stepic.org

2015

Введение в Линукс

Kaspersky Lab

2013

Антивируская школа касперского

Summer programming school, lksh.ru

2012

Летняя алгоритмическая школа, параллель B

2011

Летняя алгоритмическая школа, параллель C+

2011

Летняя алгоритмическая школа, параллель C

Учебный комплекс Специалист при МГТУ им. Баумана, specialist.ru

2011

HTML/CSS (2 курса)

2007

Ремонт, настройка, администрирование ПК

Опыт работы (3 года)

Сентябрь 2015 – настоящие время

 

OOO «BostonGene»

Москва, http://bostongene.com/

Инженер-программист, биоинформат

 

Февраль 2015 – Сентябрь 2015
7 месяцев

 

 

ЗАО «НОРСИ-ТРАНС»

Москва, http://www.norsi-trans.ru/

Инженер-программист

Разработка и тестирование нового программного обеспечения.

Август 2012 – настоящее время
3 года 7 месяцев

 

Международный учебно-научный биотехнологический центр МГУ имени М.В.Ломоносова

Москва, http://biocentr.msu.ru/

Студент

Научная работа в сфере биоинформатики.

Август 2011 – декабрь 2014
3 года 5 месяцев

 

 

ННОУ ИРЛЕМ

Москва

Сисадмин/веб-программист

Обслуживание компьютеров: ремонт, настройка. HTML-верстка сайтов и администрирование web страниц. Создание макросов в программе MS Excel. Создание прикладных приложений (С++).